Juan est né en Vieille-Castille dans une famille pauvre. Il est très jeune quand meurt son père. Sa mère doit se louer comme nourrice. Lui-même, pour payer ses études, travaille comme infirmier à l’hôpital de la ville. A 21 ans, il décide d’entrer chez les Pères Carmes et ses supérieurs l’envoient à l’université de Salamanque. Il aspire à retrouver la règle primitive de l’Ordre, faite d’austérité et de prière, mais il n’essuie que des refus. Devenu prêtre, il songe à changer d’ordre religieux, quand Dieu lui fait rencontrer sainte Thérèse d’Avila. Avec elle, il réalisera cette réforme dans une vie toute faite d’absolu. Il devient ainsi, auprès de ses frères, un signe de contradiction. On l’emprisonne neuf mois à Tolède, menottes aux mains, dans un cachot. Et, de son âme dépouillée de tout appui humain, jaillira le « Cantique spirituel ». Il finit par s’enfuir et il est recueilli par des carmélites déchaussées. Commence alors pour Jean de la Croix une période d’activité rayonnante, ouvrant à tous, carmes et carmélites, gens du peuple et universitaires, l’étroit sentier de la parfaite docilité à l’Esprit Saint. De retour en Castille, il exerce de lourdes responsabilités, tout en désirant la parfaite ressemblance d’amour avec son Seigneur crucifié. Démis de toute charge, malade, calomnié, enfin « se déchire la toile de cette vie » : il entre dans la vision de Dieu et va chanter matines au ciel.
A la fin du jour, c’est sur l’amour qu’on vous examinera.
Ne pas voir les travers des autres, se tenir en silence et parler sans cesse avec Dieu. Voilà qui déracinera de l’âme de grandes imperfections et lui donnera de grandes vertus.